Prezentând atât controversatul comerţ cu balene, cât şi tacticile de care se folosesc organizaţia Sea Shepherd, personalul şi voluntarii săi pentru a-i opune rezistenţă, „Războiul balenelor” urmăreşte călătoria de trei luni a acestei echipe prin apele îngheţate ale Antarcticii, în cel mai îndepărtat capăt de lume. În fiecare săptămână, telespectatorii sunt invitaţi să se îmbarce pentru o aventură plină de forţă şi senzaţii tari, aflând cum Sea Shepherd trece la acţiune împotriva pescadoarelor de balene, acuzate că acţionează ilegal.