În episodul 1 din sezonul 2, Marty Deeks, un membru al echipei, dispare într-o misiune sub acoperire. Echipa NCIS din Los Angeles, din care fac parte „G” Callen și Sam Hanna, trebuie să lucreze împreună cu poliția la un caz ce implică trafic de persoane, bani spălați și droguri.