În primul episod din sezonul II, povestea continuă la patru luni după evenimentele de la Kirby Plaza. Peter Petrelli, Mark Parkman și Nathan Petrelli au supraviețuit evenimentelor de la sfârșitul sezonului întâi și încearcă să își reia viețile normale de până atunci. Claire Bennet și familia ei s-au mutat în Costa Verde, în sudul Californiei. Între timp, Hiro călătorește în Japonia feudală, unde își întâlnește eroul din copilările, pe Takezo Kensei.