Este anul 2415 și, în urma unui virus distrugător, lumea a fost redusă la un singur oraș numit Bregna, condus de Trevor Goodchild (Marton Csokas) și protejat prin ziduri de lumea exterioară. Grupul de rebeli Monicans în frunte cu Handler (Frances McDormand), o trimit pe asasina Aeon Flux (Charlize Theron) să doboare guvernarea lui Goodchild. Însă, în timpul misiunii, aceasta descoperă un secret.